2019年研究中心依托单位（中科院西北研究院）与研究中心组建单位兰州大学、西北师范大学、甘肃治沙所、祁连山水涵院等单位，以及清华大学、中国水利水电科学研究院、西北大学、石河子大学、青海大学、青海师范大学、内蒙古农业大学、甘肃省水科院、甘肃省林科院等国内30余家科研单位开展项目合作，进行“祁连山涵养水源生态系统与水文过程相互作用及其对气候变化的适应研究”、“祁连山自然保护区生态环境评估、预警与监控关键技术研究”、“祁连山受损生态系统快速重建技术研发与示范”、“祁连山生态治理成效评估”、“西北内陆区水资源安全保障技术集成与应用”、“西北荒漠-绿洲区稳定性维持与生态系统综合管理技术研发与示范”、“敦煌洪水资源化利用与生态治理试验示范”、“无控制性工程地区洪水疏渗蓄综合利用技术”、 “内蒙古干旱荒漠区沙化土地形成机制与演变趋势研究”、“巴丹吉林沙漠脆弱环境形成机理及安全保障体系”等项目研究。在研项目经费总计8471万元，2019年度到账经费2308万元，2020年新争取经费300万元。

重要合作项目如下：

（1）研究中心依托单位（中科院西北研究院）与研究中心组建单位祁连山水涵院、西北师范大学，以及兰州理工大学、甘肃省林业科学研究院等省内单位开展合作，进行甘肃省自然科学基金重大项目“祁连山涵养水源生态系统与水文过程相互作用及其对气候变化的适应研究”研究，项目负责人为研究中心主任冯起研究员，项目时间：2018年-2021年，经费330万元。

（2）研究中心依托单位（中科院西北研究院）与研究中心组建单位祁连山水涵院，以及中国科学院西北高原生物研究所、敦煌文物保护研究所、敦煌飞天生态产业有限公司等单位开展合作，进行中国科学院科技服务网络计划（STS）区域重点项目“敦煌洪水资源化利用与生态治理试验示范”研究，项目负责人为研究中心主任冯起研究员，项目时间：2018年-2020年，经费450万元。

（3）研究中心依托单位（中科院西北研究院）与中国水利水电科学研究院、西北大学、清华大学、石河子大学、黄河勘测规划设计研究院有限公司、甘肃省水科学院、内蒙古农业大学、青海大学、青海师范大学等单位开展合作，进行国家重点研发计划项目“西北内陆区水资源安全保障技术集成与应用”研究，项目负责人为研究中心主任冯起研究员，项目时间：2017年7月-2020年12月，经费1369万元。

（4）研究中心依托单位（中科院西北研究院）与研究中心组建单位甘肃省治沙所，以及新疆农垦科学研究院、亿利阿拉尔生态科技有限公司等单位开展合作，进行国家重点研发计划项目“西北荒漠-绿洲区稳定性维持与生态系统综合管理技术研发与示范”研究，项目负责人为研究中心成员何志斌研究员，项目时间2017年7月-2020年12月，经费1492万元。

（5）研究中心依托单位（中科院西北研究院）与研究中心组建单位兰州大学，以及中国科学院西北高原生物研究所、西安交通大学等单位开展合作，新获批国家重点研发计划项目“祁连山自然保护区生态环境评估、预警与监控关键技术研究”，项目负责人为研究中心学术委员会成员赵文智研究员，项目时间2020年-2022年，经费1885万元。

（6）研究中心依托单位（中科院西北研究院）与甘肃省水科院开展合作，进行国家重点研发计划课题“无控制性工程地区洪水疏渗蓄综合利用技术”研究，课题负责人为研究中心成员司建华研究员，项目时间2016年-2020年，经费290万元。

（7）研究中心依托单位（中科院西北研究院）与北京师范大学开展合作，进行国家重点研发计划课题“内蒙古干旱荒漠区沙化土地形成机制与演变趋势研究”研究，课题负责人为研究中心成员肖生春研究员，项目时间2016年-2020年，经费315万元。

（8）研究中心依托单位与内蒙古自治区科技厅开展合作，进行内蒙古自治区科技重大专项“巴丹吉林沙漠脆弱环境形成机理及安全保障体系”项目研究，项目负责人为研究中心司建华研究员，项目时间：2019年-2022年，经费700万元。

（9）研究中心依托单位（中科院西北研究院）与天祝华龙煤业有限公司开展合作，进行中国科学院科技服务网络计划（STS计划）项目“祁连山受损生态系统快速重建技术研发与示范”研究，项目负责人为研究中心成员何志斌研究员，项目时间2020-2021年，经费200万元。

（10）研究中心依托单位（中科院西北研究院）与研究中心组建单位祁连山水涵院、河西学院等单位开展合作，进行张掖市人民政府委托项目“祁连山生态治理成效评估”研究，项目负责人为研究中心副主任李宗省副研究员，项目时间2017-2020年，经费150万元。