(1)研究中心依托单位“中国科学院西北生态环境资源研究院”与中央民族大学曹世雄教授团队开展合作，合作项目为甘肃省林草局大熊猫祁连山国家公园（甘肃片区）科技创新联盟科技支撑项目“祁连山国家公园（甘肃片区）生态治理成效评估研究”，项目负责人为研究中心刘蔚研究员，项目时间：2020年-2021年，经费100万元。

(2)研究中心依托单位“中国科学院西北生态环境资源研究院”和合作单位中国科学院青藏高原研究所、清华大学、中国科学院地理科学与资源研究所、北京师范大学多家单位联合开展合作，进行中国科学院“西部之光”交叉团队项目“祁连山多年冻土退化对生态水文过程的影响机制研究”研究，项目负责人为研究中心副主任李宗省研究员，项目时间：2021年-2023年，经费200万元。

(3)研究中心组建单位甘肃省治沙研究所与甘肃祁连山国家级自然保护区管理局及甘肃祁连山国家级自然保护区管理局哈溪自然保护站开展合作，实施中央引导地方科技发展专项项目“祁连山东段退化生态系统修复技术创新示范”，项目负责人为甘肃省治沙研究所徐先英研究员，项目时间：2017年-2020年，经费450万元。

(4)研究中心组建单位甘肃省治沙研究所与临泽国家野外站、兰州大学等高校、科研院所，共同承担国家重点研发计划项目“典型脆弱生态修复与保护研究”重点专项“祁连山自然保护区生态环境评估、预警与监控关键技术研究”项目。民勤国家野外站参与“人类活动和气候变化对祁连山自然保护区的影响”课题的研究工作，研究成果将为加强祁连山地区生态保护，加快建立科学有效的祁连山国家公园体制提供有力的技术支撑。

(5)研究中心组建单位甘肃省祁连山水源涵养林研究院与张掖市祁连山黑河流域山水林田湖生态保护修复项目实施领导小组合作，承担实施张掖市“山水林田湖”项目——“祁连山生态保护修复监测能力建设及科技支撑项目（地面监测部分）”，项目负责人是刘贤德院长。目前已全面完成研究任务，并发布《祁连山生态治理成效评估研究》报告。该报告以祁连山为评估区，在野外考察、调研基础上，结合长期观测数据、遥感影像等资料编写，系统评估了祁连山生态变化、祁连山张掖段植被变化、祁连山张掖段水电开发和矿产开发对生态的影响，为祁连山下一步生态治理保护提出了对策建议。祁连山生态监测自动化、数字化、智能化能力建设全面完成并通过竣工验收，包括：前端感知体系、网络通信体系、电力配电系统、物联网智能服务平台、生态应用系统和指挥中心。

(6)研究中心组成单位“甘肃省祁连山水源涵养林研究院”与中国科学院生态环境研究中心合作研究“森林汞汇调查研究”项目，提交树芯样品16份（共选择了8棵样树，每个样树取树芯2个），土壤样品30份（共挖掘2个剖面，包括O、A、B、C四层）。并于每月30日，采集枯落物样品，进行枝、叶、秋果、杂物等分拣工作，采取称重-烘干-再称重方式获取枯落物每月蓄积量。

(7)研究中心组成单位“甘肃省祁连山水源涵养林研究院”与中国科学院西北生态环境资源研究院，合作项目为甘肃省自然科学基金重大项目课题“祁连山水源涵养区生态系统涵养功能提升研究”。主要完成了祁连山大野口流域海拔3300m高山灌丛，2700m青海云杉人工林和天然林不同水文过程的观测，海拔2500-3300m青海云杉林径向生长量测定，海拔3300m灌木林和观台人工林土壤蒸发、林冠截留和大气降水量观测，海拔2500、2700、2900、3100、3300m青海云杉林枯落物框凋落量测定，冻土观测点和径流量观测点所在样地植被调查等工作。

(8)研究中心组成单位“甘肃省祁连山水源涵养林研究院”与甘肃省林科院横向合作项目“退耕还林工程生态效益监测项目”，提交2019年度退耕还林工程生态效益项目监测数据。在排露沟流域2700m青海云杉林、2900m阳坡草地、3400高山灌丛进行样地调查、土壤采集、地表径流观测、养分含量测定、生物多样性调查等工作。

(9)研究中心组成单位“甘肃省祁连山水源涵养林研究院”与科技部委托的中科院西北研究院与植物所，合作进行“祁连山大野口植物仪器的定期维护和同步观测技术服务项目”的研究，选择祁连山中段排露沟试验流域青海云杉为试验对象，在叶面积指数测定和树木径向生长测定方面进行自动仪器研发和仪器观测比对试验。与我院达成技术服务协议，祁连山森林生态站负责仪器定期维护和同步观测。于每月5日、10日、15日、20日、25日、30日定时定点观测并及时计算记录数据，共维护仪器观测记录数据51次，形成纸件原始资料和电子数据并备份存档。