1980-2019年祁连山年均单元产水量约为66.32 mm，年均水源涵养总量为49.78×10⁸ m³。从时间变化上来看，1980-1990、1990-2000、2000-2010和2010-2019年这4个研究时段内年均水源涵养总量分别为45.03×10⁸ m³、38.89×10⁸ m³、49.46×10⁸ m³和61.79×10⁸ m³，在近40年内呈现出先减少后增加的变化趋势，且在2010年之后增加幅度较大，这与降水量在2010年之后较快增长有着密切联系。从空间变化上来看，祁连山区所有时段内的水源涵养量空间分布均体现出东南多西北少的特点，这也与降水量的空间分布大致相同。出现该分布格局的原因一方面是保护区西部地区地表植被稀疏，土地覆被类型以裸露沙地和荒漠为主，对大气降水的截留能力差，导致水源涵养总量较低，而水源涵养的高值区集中在保护区东部，是因为该地区植被状况良好，森林和草地面积较大，植物底部发达的根系可以对土壤中水分起到很好的截留作用；另一方面是保护区西部气候干旱，降水少，而东部降水较多，因此形成了上述分布格局。

祁连山水源涵养量空间分布