管理委员会是研究中心的最高决策机构。由甘肃省科学技术厅、中国科学院寒区旱区环境与工程研究所、兰州大学、甘肃省祁连山水源涵养林研究院、甘肃省林业科学研究院、甘肃省水利科学研究院、甘肃省治沙研究所、西北师范大学、河西学院、甘肃农业大学、甘肃省地质环境监测院和甘肃祁连山国家级自然保护区管理局等相关单位负责人共同组成管理委员会，设主任1名，副主任和委员若干名。管理委员会成员应团结和凝聚组建单位的研究队伍，全身心投入研究中心相关的工作，在研究中心的建设和发展中起到主导作用。管理委员会负责协调依托单位及合作单位间的关系，保证研究中心的健康运行和发展；制定和修改研究中心章程；监督和审查财务预决算；监督考核研究中心的运行管理和年度实际绩效；听取研究中心主任有关重大问题的汇报；审议研究中心年度工作计划和年终总结报告。