甘肃省祁连山生态环境研究中心于2018年11月由甘肃省政府批准成立。中心由中国科学院西北生态环境资源研究院为依托单位牵头，联合甘肃省祁连山水源涵养林研究院、甘肃省治沙研究所、西北师范大学、河西学院和甘肃祁连山国家级自然保护区管理局，共6家高校、科研和行政单位组建。中心现有固定人员53人，其中包括教授及研究员21人，国家杰出青年基金获得者2名，中国科学院“百人计划”入选者1名，国家优秀青年基金获得者3名，“万人计划”青年拔尖人才1名。中心拥有涵盖冰川-积雪-冻土、森林、草地、水文、水土流失等特色方向的监测站点26个，配备土壤与水化学分析、离子色谱系统和同位素水文分析测定平台等生态环境类观测仪器设备近千台（件），分析测试水平与国际接轨，同时拥有中国西部环境与生态科学数据中心等5个数据中心。中心以祁连山水生态安全为主线，以生态系统功能提升及生物多样性保护为突破口，集成现有的科研力量与科技创新平台，开展变化环境下水与生态耦合机制研究、集成祁连山生态系统修复技术、构建祁连山生态适应性综合管理模式与和谐人地关系，创建祁连山保护与发展相协调的生态文明新范式，为祁连山国家公园建设和管理提供生态环境监测、评估和可持续发展服务，将建成为生态保护与修复领域的优秀人才培养基地。